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1. 能耐高溫耐、耐胃酸、耐膽鹽  
益生菌的產品經口服後,內含的益生菌必須禁得起腸道中胃酸、膽汁及胰臟酶的破壞,才能到達腸道而產生作用。一般而言,L. bulgariumS. thermophilus對胃酸及膽汁的抵抗力較差;L. acidophilusBifidobacterium對胃酸及膽汁的抵抗力較佳。
2. 低或無病原性
益生菌服用後,必須對人體無致病性,且不會造成人體微生物的感染。
3. 需能黏附於腸道上皮細胞上
益生菌服用後,需能黏附於腸道細胞,且能在腸道上進行繁殖,才能產生良好的作用。
4. 調節腸道之免疫反應
益生菌可以活化腸道感染時的免疫反應,另一方面也可以減緩食物過敏所產生之免疫反應。
5. 縮短食物停留於腸道的時間(Transit time
根據2001Bouvier M.等人的研究顯示,益生菌可以縮短食物停留於腸道的時間達25%,特別對於停留於腸道的時間較長的病人或是婦女,作用更明顯。
6. 促進食物的醱酵
益生菌可以促進腸道中食物的發酵,而生成大量的LactateAcetatePropionateButyrate等短鏈脂肪酸。這些脂肪酸不僅可以提供腸道細胞營養,另外也可以刺激腸道對鹽類及水分的吸收,並抑制腸道不正常細胞的生長。
. 障壁作用(Barrier effects
益生菌會與病原菌競爭黏附於腸道上,並可以產生抗菌物質(如:BacteriocinBiosurfactantLactocidin),減少病原菌的作用。另外,益生菌亦會促進腸壁細胞分泌黏液及黏蛋白,降低腸道上皮細胞與病原菌及有害物質接觸的機會。

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